История окрестностей Изварино хорошо изучена с XI-XIII веков. Здесь, на берегу реки Ликовы, поселились славяне вятичи, о пребывании которых напоминают три группы курганных могильников, сохранившиеся до наших дней в соседнем лесу.
Первые письменные источники о территориальном устройстве близлежащих земель относятся ко временам правления царя Иоанна IV Васильевича. В межевой записи XVI века впервые упоминается "деревня Изварина" и церковная Ильинская земля. По археологическим данным и планам XVII века известно точное местонахождение старого Ильинского погоста – небольшой участок в пределах нынешней деревни Ликова. Основную массу находок, имеющих отношение к погосту, археологи датируют XV-XVI веком. Очевидно, что Ильинский храм до ХVI века располагался именно там.
Современное местоположение храм обретает во второй половине XVII века – в 1668-1670 годах, когда Изваринской землей владеет Яков Булычев. При нем строится первый Ильинский храм в Изварине. В 1712 году царским указом государя Петра Алексеевича, владельцу Изварино – князю Андрею Александровичу Черкасскому велено было освятить перевезённый в село от Калужских ворот храм в честь Рождества Христова с приделом Илии Пророка.
В 1728 году обветшавший Христорождественский храм был перестроен, вновь из дерева, и освящен в честь Пророка Илии. Спустя ещё пять лет, князь Андрей Черкасский получает разрешение на строительство неподалёку, в селе Васильевское (позже – усадьба Изварино), каменного Никольского храма для проведения богослужений в холодное время года.
В 1901 году рядом с деревянной церковью в Изварино начато строительство современного здания Ильинского храма – из красного кирпича. Авторами проекта, выполненного в неорусском стиле, стали архитекторы Шнауберт и Садовников. В 1904 году в храме был освящен южный придел в честь Смоленской иконы Божьей Матери. После установления советской власти, Ильинский храм был закрыт, а в здании устроены конюшня и зернохранилище. На короткое время, в годы Великой Отечественной войны, службы возобновились, однако в 1946 году храм вновь закрыли, разместив здесь архив ленинизма Госфильмофонда СССР. Никольский же храм, что стоял при усадьбе Изварино, был полностью уничтожен.
В 1990 году здание храма было передано Церкви и начались многолетние труды по его восстановлению. 2 августа 2005 года, в Престольный праздник, состоялось Великое освящение возрожденного храма Илии Пророка в Изварине.